Linuxで任意のウィンドウを透過する方法

Linuxで任意のウィンドウを最前面，最小化するプログラムの続きです．
これでEmacsを瞬時にブラウザの上に被せることができますが，Emacsが透過していないとブラウザを見ながらの入力ができません．
僕はEmacsを重ねたくて行なっていますが，Emacs以外でも可能です．
Compizを使用しています．